Czesław Kaczmarek urodził się 16 kwietnia 1895 roku we wsi Lisewo Małe, położonej w powiecie sierpeckim na północno-zachodnim Mazowszu. Po ukończeniu szkoły elementarnej został przyjęty do Seminarium Nauczycielskiego, które władze carskie zorganizowały w budynkach klasztornych Ojców Bernardynów po ich kasacie w Skępem. Seminarium Duchowne ukończył w Płocku i 20 sierpnia 1922 roku został wyświęcony na kapłana. Z początkiem września tegoż roku wyjechał do Francji na dalsze studia, skierowany przez biskupa płockiego Juliana Antoniego Nowowiejskiego. Na uniwersytecie w Lille studiował nauki społeczne i polityczne, które chlubnie ukończył doktoratem w 1927 roku. Rozwinął też działalność duszpasterską wśród Polaków, którzy przybyli do Francji w poszukiwaniu pracy i chleba. Z woli biskupa J. A. Nowowiejskiego ks. Kaczmarek w 1928 roku wraca do Płocka. Otrzymuje najpierw nominację na sekretarza Stowarzyszenia Młodzieży Katolickiej, a od 1932 roku zostaje dyrektorem Diecezjalnego Instytutu Akcji Katolickiej. 24 maja 1938 roku Nuncjatura Apostolska w Warszawie podała do publicznej wiadomości, iż Papież Pius XI mianował księdza prałata Czesława Kaczmarka biskupem kieleckim. Nominat kanonicznie objął diecezję 3 września, zaś następnego dnia sakry biskupiej nowemu ordynariuszowi w katedrze kieleckiej udzielił arcybiskup Filip Cortesi - nuncjusz apostolski. Współkonsekratorami byli: bp Adolf Szelążek z Pińska i bp Leon Wetmański, sufragan płocki.
We wrześniu 1939 r. doświadczył wraz z Narodem klęski i jarzma nowej niewoli. 4 września 1939 r. w Stopnicy pod murem klasztoru ksiądz biskup Czesław wraz z zakonnikami i osobami znajdującymi się w klasztorze czekał na rozstrzelanie, gdyby Niemcy znaleźli w klasztorze broń. W połowie września złożył wizytę w kieleckim oflagu.
9 października 1939 r. odczytano jego list pasterski, w którym znalazły się słowa: „Dlatego wzywam Was, żebyście, naprzód wierni świętym przykazaniom Boga i Kościoła, okazali się posłusznymi względem władz administracyjnych we wszystkim, co nie sprzeciwia się sumieniu katolickiemu i naszej polskiej godności”. Po wojnie te słowa wykorzystywano do oskarżeń wobec biskupa Kaczmarka o rzekome nawoływanie do kolaboracji z hitlerowcami.
W czasie wojny bp Czesław przyjął i "przechował" w diecezji ponad 240 księży diecezjalnych i zakonnych, którym groziła zagłada na terenach północnej i zachodniej Polski włączonych do III Rzeszy. Pomimo tego iż gmach seminarium duchownego w Kielcach był w rękach okupantów (w budynku znajdował się szpital), przyjął do seminarium duchownego w okresie okupacji 86 alumnów z zamkniętych seminariów diecezjalnych i zakonnych. Tysiące wysiedleńców i uciekinierów, szczególnie po upadku Powstania Warszawskiego ocaliły swoje życie w diecezji kieleckiej, a klimat do ich przyjęcia stworzył ksiądz biskup Kaczmarek.
Po tzw. „pogromie kieleckim” (4 lipca 1946 r.) powołał komisję do zbadania jego okoliczności. Ustalenia komisji stały się podstawą sporządzonego 1 września 1946 r. raportu, w którym odpowiedzialnością za wydarzenia zostały obarczone służby sowieckie. Biskup zdołał przekazać ten raport ambasadorowi Stanów Zjednoczonych.
20 stycznia 1951 r., razem z Janem Danilewiczem, autorem raportu o pogromie kieleckim, został aresztowany pod zarzutami szpiegostwa na rzecz Stanów Zjednoczonych oraz Stolicy Apostolskiej, nielegalnego handlu walutami i kolaboracji. Tego dnia około godziny 9.00 do kurii kieleckiej wtargnęło kilku pracowników UB pod dowództwem Józefa Światły i "krwawej" Julii Brystygierowej. Inni ubowcy otoczyli zabudowania kurialne, stali na ulicach obok kurii i katedry. Przez cały dzień przeszukiwano pomieszczenia kurialne i mieszkanie ordynariusza. Wszystkich przychodzących tego dnia do kurii rewidowano i zatrzymywano w jednym pomieszczeniu. Wieczorem do ciężarowego samochodu załadowano kilka walizek i paczek z dokumentami. W innym samochodzie - osobowym, umieszczono ks. bpa Czesława Kaczmarka.
W toku śledztwa był wielokrotnie torturowany w areszcie śledczym MBP. Podczas procesu rozpętano propagandową nagonkę na biskupa, w którą włączył się m.in. Tadeusz Mazowiecki, redaktor naczelny „Wrocławskiego Tygodnika Katolików” oraz środowiska tzw. „księży patriotów”. W dniach od 14 do 22 września 1953 r. w trakcie pokazowego procesu, udręczony psychicznie i fizycznie, przyznał się do zarzucanych mu czynów. Został skazany na 12 lat „za kolaborację z Niemcami, usiłowanie obalenia ustroju PRL i propagandę na rzecz waszyngtońsko-watykańskich mocodawców”.
Na mocy postanowienia Naczelnej Prokuratury Wojskowej 8 lutego 1955 r. ze względów zdrowotnych udzielono mu półrocznego zwolnienia z odbywania kary. Mimo wielu pism ze strony biskupa i zapewnieniu władz o możliwości darowania reszty kary biskup został ponownie aresztowany i osadzony w mokotowskim więzieniu 3 lutego 1956 r. 7 maja 1956 r. Wojskowy Sąd Garnizonowy postanowił wobec więźnia zastosować amnestię, jednakże 17 maja doręczono mu wiadomość o przymusowym skierowaniu go na czas nieograniczony do klasztoru w Rywałdzie Królewskim. Wykończony chorobą oraz złymi warunkami ordynariusz podjął 22 września 1956 r. samodzielną decyzję o wyjeździe do Warszawy, gdzie przebywał do 30 marca 1957 r., kiedy Naczelna Prokuratora Wojskowa wydała postanowienie o umorzeniu śledztwa w sprawie bpa Kaczmarka i współoskarżonych z nim osób z powodu braku dostatecznych dowodów. „Wracając do Kielc 4 kwietnia 1957 r., w wieku 62 lat, – pisze ks. J. Śledzianowski - ksiądz biskup Czesław był bielusieńki jak mleko, głowa mu się trzęsła, wyczerpany fizycznie, lecz duchem niezłomny. We wrześniu 1957 roku wstąpiłem do seminarium duchownego w Kielcach. Boże! Jak on żarliwie i płomiennie przemawiał w katedrze, z jakim zapartym tchem słuchały go rzesze wiernych, wypełniając świątynię do ostatniego miejsca. Zawsze z uśmiechem, a nawet z żartem, jakby to wszystko, co przeżył, nie należało do niego”.
Gdy dowiedział się o prześladowaniach katolików w komunistycznych Chinach, w czasie kazania w katedrze kieleckiej 10 lutego 1959 r. stanął w ich obronie oraz wezwał do modlitwy za udręczony Kościół w Chinach. Wystąpienie to stało się głównym powodem, dla którego władze PRL zażądały, by Episkopat usunął ks. bp. Kaczmarka z Kielc i diecezji.
Z pomocą cierpiącemu księdzu biskupowi Czesławowi pospieszył Papież Jan XXIII. W liście skierowanym do Biskupa Kieleckiego 19 sierpnia 1959 r. między innymi pisał: "Wyrok niesłusznie na Ciebie wydany przez władze państwowe został obalony - tak, iż Twoja względem Kościoła wierność, podobnie jak i szczera Twoja miłość względem ojczyzny stały się dla wszystkich oczywiste. Pisząc te słowa w celu niesienia Ci pociechy i pokrzepienia, zapewniamy Cię, iż jesteśmy złączeni z Tobą gorącą ojcowską miłością i pokornie błagamy Dawcę wszelkich łask o pokój ducha dla Ciebie, pogodę oraz męstwo".
Słowa te okazały się niezwykle ważne, zobowiązujące dla księdza biskupa Czesława, iż trzeba trwać i być niezłomnym.
W odpowiedzi na to władze uderzyły z nową niszczycielską siłą w diecezję kielecką: zabroniono wydawania "Kieleckiego Przeglądu Diecezjalnego" i "Współczesnej Ambony", które wznowiono po tzw. Październiku, zlikwidowano ostatnią katolicką szkołę Sióstr Nazaretanek, dom dziecka oraz zabrano nowo wybudowany gmach nowej kurii i katechetycznego ośrodka diecezjalnego; pierwszych w Polsce 42 kleryków wzięto do wojska, przystąpiono do karania księży za byle co.
Do nowego ataku i zohydzania księdza biskupa Czesława wykorzystano współpracującego od 1948 r. z UB ks. Leonarda Świderskiego, autora tzw. Zielonego Zeszytu. Zawierał on zmyślone a bulwersujące opisy z życia ordynariusza kieleckiego, przypisujące mu prowadzenie rozwiązłego trybu życia.
Wyczerpanie fizyczne i psychiczne całego organizmu podczas wieloletniego śledztwa i więzienia oraz ani na chwilę nie ustające szykany ze strony władz nie pozostało bez wpływu na zdrowie biskupa.
10 czerwca 1963 roku, w czasie odbywającej się konferencji Episkopatu w Warszawie, biskup Czesław dostał silnego ataku serca. Przyjęli go do swojego domu przy ul. Rakowieckiej Ojcowie Jezuici, gdzie czuwał nad jego stanem zdrowia prof. Edmund Żera. 4 lipca, już w Nałęczowie, ks. bp Kaczmarek doznał rozległego zawału serca, został przewieziony do kliniki w Lublinie i tam zmarł 26 sierpnia 1963 roku. Pogrzeb odbył się w katedrze kieleckiej 29 sierpnia. W pogrzebie nie uczestniczył Prymas Stefan Wyszyński, obecny był natomiast biskup Karol Wojtyła. Trumnę z ciałem złożono w podziemiach katedry obok biskupów kieleckich.
W 1990 biskup Kaczmarek został pośmiertnie uniewinniony i zrehabilitowany.
Prezydent RP Lech Kaczyński 7 listopada 2007 r. „za wybitne zasługi dla niepodległości Rzeczypospolitej Polskiej, za działalność duszpasterską i charytatywną” pośmiertnie odznaczył biskupa Kaczmarka Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski. Order przekazano 11 listopada tego samego roku na ręce biskupa kieleckiego bp. Kazimierza Ryczana.
