Elewacja północna
W miejscu dawnego, północnego przedsionka, zamurowanego w 2 połowie XIX wieku w czasie urządzania kaplicy Najświętszego Sakramentu, umieszczono dziś prostokątną, marmurową tablicę o charakterze edukacyjnym, ufundowaną przez administratora diecezji biskupa Michała Poniatowskiego w latach 1782-1791; tablica ta była niegdyś wmurowana w fasadzie zachodniej tuż obok głównego wejścia do kościoła; na obecne miejsce przeniesiono dopiero w roku 1969. Na tablicy tej znalazło się wszystko to, co każdy powinien wiedzieć - a więc obok podstawowych prawd wiary katolickiej także małe i duże litery alfabetu i cyfry arabskie, ponadto wzorce jednostek miar - w tym łokcia koronnego, sznura, morgi, a także stopy francuskiej i angielskiej - oraz wagi (m. in. funt i grzywna). Z kolei w zachodniej partii elewacji znajduje się boczne wejście do kościoła ujęte w kamienny, uszaty portal zwieńczony przyczółkiem, z łacińskim tekstem w nadprożu: A[nno] D[omini] 1632 AMPLIATA ECCLESIA (tj. w roku 1632 powiększony kościół)
Elewacja wschodnia
Elewacja w dolnej partii pochodzi z okresu XVIII-wiecznej rozbudowy kościoła, aczkolwiek ciosy kamienne, jakimi ją obłożono, są pozostałością romańskiej bazyliki - to właśnie na nich widoczne są zarówno znaki kamieniarskie, jak i ślady ostrzenia szabel. Górną partię fasady przekształcono w latach 1869-1871 - w bogato rozczłonkowanych, starannie opracowanych szczytach znalazły się wykonane przez Juliusza Faustyna Cenglera (zm. 1886) rzeźby św. Józefa z Dzieciątkiem Jezus oraz patronów Polski z ich atrybutami: św. Wojciecha z wiosłem i św. Stanisława z wskrzeszonym Piotrowinem.
Elewacja południowa
W elewacji tej widoczne są po stronie wschodniej boczne wejście do kościoła oraz bezpośrednio przy nim dwa zamurowane otwory w kamiennych obramieniach, prowadzące niegdyś z ganków otaczających cmentarz do kościoła - dolne przeznaczone dla alumnów, górne zaś wiodło do loży biskupiej we wnętrzu świątyni.
Elewacja zachodnia
Fasada zachodnia zachowała w zasadzie układ XVII wieczny - dwupiętrowa, trójprzęsłowa elewacja podzielona barokowymi filarami i zwieńczona dekoracyjnymi szczytami z lat 18691871; z dawnej, XVII-wiecznej formy przetrwały podziały filarowe oraz obeliski, nawiązujące do obelisków fasady pałacu biskupiego - w obu przypadkach ten motyw dekoracyjny, sięgający do architektury starożytnego Egiptu, był symbolem nieśmiertelności. Umieszczona zarówno na fasadzie, jak i w szczytach bogata dekoracja rzeźbiarska jest zasadniczo dziełem Juliusza Faustyna Cenglera (zm. 1886): na osi umieszczono we wnęce figurę Najświętszej Marii Panny Niepokalanie Poczętej, Pana Jezusa z kulą świata (Salvator mundi) oraz główki aniołów; znajdujące się w bocznych niszach postacie świętych apostołów: Piotra i Pawła są nieco późniejsze. W dolnej partii fasady umieszczony został w roku 1635 okazały, wczesnobarokowy marmurowy portal ufundowany przez biskupa krakowskiego kardynała Jana Alberta Wazę (1612-1634), ozdobiony został w partii przerwanego przyczółka okazałym kartuszem herbowym z insygniami i inicj alarm fundatora; na tarczy umieszczono herby: Orzeł (Korona), Pogoń (Wielkie Księstwo Litewskie), Trzy Korony (herb kapituły krakowskiej), Gryf (herb fundatora świątyni, biskupa Gedki) oraz pośrodku Snopek - herb szwedzkiego rodu Wazów, a zarazem samego kardynała.
