Pierwotnie wokół kolegiaty mieścił się istniejący od końca XII wieku cmentarz parafialny; w czasach biskupa Konstantego F. Szaniawskiego i z jego fundacji cmentarz ów otoczono murem z dwoma bramami, zachodnią oraz północną, zwaną wielkcą, od południa zaś tzw. gankiem. Po rozbudowie pałacu biskupiego przez K. F. Szaniawskiego (wzniesienie skrzydła południowego, ok. 1724-1727) oraz po wystawieniu po obu stronach kościoła Św. Trójcy szkoły (obecnie budynek Biblioteki Pedagogicznej i Muzeum Lat Szkolnych Stefana Żeromskiego) i seminarium duchownego (1724-1727), wszystkie te budowle połączył ­rozebrany stopniowo w latach 1829-1867 - niezwykły system komunikacji, czyli tzw. ganki ­wsparty na arkadach gruby mur ze sklepionym korytarzem na piętrze, prowadzący od południowego skrzydła pałacu wzdłuż dawnego cmentarza (tu korytarzyk łączył je z lożą we wnętrzu kościoła) do nieistniejącej już dziś Bramy Krakowskiej, a następnie równolegle do ulicy Jana Pawła II aż do dawnej szkoły, kościoła Św. Trójcy i seminarium duchownego. W roku 1795 zakazano chowania zmarłych na przykościelnym cmentarzu, a w roku 1827 zburzono otaczające go mury aż do wysokości szkarp - te wzmocniono i obłożono kamieniem.